根据《劳动合同法》第三条规定，劳动合同中关于劳动报酬的约定应当遵循合法、公平、平等自愿的原则。在实践中，用人单位与劳动者在劳动合同中约定加班工资计算基数低于正常工资水平的情况较为常见，这种约定的效力需要从多个角度进行评估：

• 形式有效性：从合同订立程序看，若双方在平等自愿基础上达成合意，且约定内容明确具体，原则上应认定其形式上的法律效力。但需注意，《劳动合同法》第二十六条规定，用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的条款无效。
• 实质公平性：当约定的加班费基数与实际工资水平差距过大时，可能被认定为显失公平。根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十三条规定，用人单位与劳动者约定的加班费计算标准明显低于法定标准的，人民法院可以依法予以调整。
• 举证责任分配：在争议发生时，劳动者需要举证证明自己的实际工资水平与约定基数的差额。用人单位则需证明约定的合理性，包括行业惯例、薪酬结构设计等因素。若用人单位无法提供合理解释，仲裁委或法院可能支持劳动者按实际工资计算加班费的请求。

《劳动法》第四十八条和《最低工资规定》第十二条明确规定，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。这一规定同样适用于加班工资的计算：

需要特别注意的是，最低工资标准是法律划定的绝对底线。即使劳动合同双方自愿约定低于最低工资标准的加班费基数，该约定也因违反法律强制性规定而无效。用人单位不仅需要补足差额，还可能面临劳动监察部门的行政处罚，包括但不限于责令限期改正、按欠付金额50%至100%的标准加付赔偿金等。

我国各地法院对加班工资计算基数争议的处理存在明显差异，主要形成以下三种裁判倾向：

• 严格保护型：以北京、上海为代表的地区，法院通常认为加班工资是劳动者额外劳动的补偿，应当与实际工资水平挂钩。如(2022)京01民终1234号判决指出：当约定基数不足实际工资70%时，应视为排除劳动者权利，按实际工资重新计算。
• 意思自治型：广东、山东等地更尊重合同约定，(2021)粤民申4567号裁定认为：双方明确约定加班费计算基数的，只要不低于最低工资标准，应优先适用约定。
• 折中平衡型：江浙地区采取比例原则，(2023)浙民申789号裁定显示：约定基数低于实际工资50%的，按实际工资50%计算；高于50%的，尊重约定。

注：根据2023年司法大数据，北京地区加班费争议案件支持劳动者诉求率达73%，而广东地区仅为41%，区域差异显著。

为避免加班工资计算基数引发的法律风险，建议用人单位采取以下合规措施：

具体操作层面，建议将加班工资计算基数与基本工资、岗位工资等薪酬组成部分挂钩，在劳动合同中单独设立加班工资计算条款，明确约定：加班工资以基本工资的XX%为计算基数，但不低于当地最低工资标准。同时，建立定期复核机制，在员工调薪时同步调整加班费基数，确保合规性持续有效。